Khi cà phê lần đầu tiên được mô tả vào giữa thế kỷ 18, các nhà thực vật học đã nhầm lẫn trong việc sắp xếp chúng trong hệ thống phân loại thực vật Linnaeus. Việc xác định các cây thuộc loài Coffea có rất nhiều khó khăn vì cây và hạt của chúng rất da dạng. Coffea có thể có hơn 25 loài chính, phân bố từ vùng sản sinh ra loại cây này cho tới vùng nhiệt đới châu Phi và một số đảo ở Ấn Độ Dương, đặc biệt là Madagascar. Các loài cây cà phê có dạng thân gỗ, có thể ở dạng cây bụi hoặc cây nhỏ cao hơn 10 mét, lá có màu vàng, màu xanh đậm, đồng hoặc nhuốm màu tím.

Hai loại có giá trị kinh tế nhất của cà phê là Arabica (còn gọi là cà phê chè) – chiếm hơn 60% sản lượng thế giới – và Robusta (còn gọi là cà phê vối). Hai loại khác chiếm tỷ lệ rất nhỏ là Liberica và Excelsa (còn gọi là cà phê mít)

Một số khác biệt giữa cà phê Arabica và cà phê Robusta:

Cà Phê Hạt Arabica

Arabica có dạng cây bụi to, lá hình bầu dục, màu xanh thẫm, trái có hình oval, thường chứa hai hạt dẹp, trái chỉ chứa một hạt được gọi là peaberry (hay còn gọi là Culi). Cà phê Arabica thường dễ bị sâu bệnh hơn Robusta. Arabica được trồng trên khắp châu Mỹ La tinh, Trung và Đông Phi, Ấn Độ và một số nơi tại Indonesia.

Cà Phê Hạt Robusta

Robusta có dạng cây bụi hoặc cây nhỏ, có thể cao 10m khi trưởng thành, hệ thống rễ nông nhưng có sức sống rất mạnh mẽ. Trái cà phê có hình hơi tròn chứa hai hạt bình bầu dục và nhỏ hơn hạt Arabica. Robusta được trồng ở Tây và Trung Phi, Đông Nam Á và một phần nhỏ ở Brazil.